Евгений Наумович закончил в 1989 г. 1-й Ленинградский институт им. И.П. Павлова по специальности «лечебное дело» и поступил на работу в НИИ онкологии им. Н.Н. Петрова (С.-Петербург). В 1992 г. защитил кандидатскую диссертацию, затем в течение трёх лет стажировался в Институте биохимии им. Макса Планка (Мюнхен). С 2001 г.  – доктор медицинских наук, с 2004 г. – профессор, с 2016 г. – профессор РАН, с 2017 г. – член-корреспондент РАН. Е.Н. Имянитов возглавляет отдел биологии опухолевого роста в НИИ онкологии им. Н.Н. Петрова, а также кафедру общей и молекулярной медицинской генетики в С.-Петербургском государственном медицинском педиатрическом университете.

Е.Н. Имянитов занимается изучением молекулярных механизмов рака, а также различными аспектами персонифицированной медицины в онкологии. Коллектив, возглавляемый Е.Н. Имянитовым, внёс большой вклад в изучение наследственных опухолевых синдромов. В частности, Е.Н. Имянитовым продемонстрирован «эффект основателя» для российских пациенток с семейным раком молочной железы и яичника – эти работы позволили значительно упростить диагностику данного заболевания и повсеместно внедрить её на территории РФ. В 2012 г. им открыт новый ген наследственного рака молочной железы — BLM. Этот ген уже включён в стандартные тест-системы, предназначенные для диагностики наследственных раковых синдромов. 

Важным направлением деятельности Е.Н. Имянитова является развитие молекулярных методов, позволяющих повысить клиническую и экономическую эффективность применения противоопухолевых препаратов. Проведены клинические испытания, показавшие уникальную чувствительность BRCA1-ассоциированных карцином к недорогим цитостатическим препаратам – цисплатину и митомицину. Выполнены работы, позволившие оптимизировать применение дорогостоящих лекарственных препаратов, в частности, ингибиторов киназы EGFR. Установлено, что выраженный клинический эффект от данной группой препаратов наблюдается только в отношении тех пациентов, опухоли которых содержат активирующую мутацию в гене EGFR – их число составляет не более 6-7% больных раком лёгкого. На основании этих исследований повсеместно в стране было внедрено EGFR-тестирование, позволившее выявлять чувствительные к лечению карциномы и рационально расходовать ингибиторы тирозинкиназ. Под руководством Е.Н. Имянитова разработаны новые методы молекулярно-генетического анализа архивного биологического материала, позволяющие использовать ДНК- и РНК-тесты в повседневной клинической практике.

Е.Н. Имянитов является автором более 300 печатных работ, из них более 160 составляют статьи в международных научных журналах, 6 – монографии. Работы Е.Н. Имянитова получили более 5000 цитирований. Под руководством Е.Н. Имянитова защищено 5 докторских и более 30 кандидатских диссертаций.